La chiesa di San Domenico fu edificata sul Poggio più alto della città e fu detta anche la chiesa dei re , perché in essa i sovrani che venivano in città rendevano omaggio e ascoltavano messa, ma anche perché vi sono seppelliti Teobaldo di Navarra con la moglie Isabella, figlia del re Santo Luigi IX, Guglielmo Conte di Fiandra e di altri Principi Reali, che nell’anno 1270 con Carlo d’Angiò, re di Sicilia, durante l’VIII crociata, ritornarono da Tunisi attaccati dalla peste. Ancor più viene ricordato il luttuoso avvenimento che colpì re Federico II nella nostra città: l’ infante Manfredi il 9 novembre 1318 cavalcando in località detta la "rena" cadde da cavallo ed ivi trovò la morte.
La salma venne tumulata proprio nella chiesa di Santa Maria la Nova - oggi San Domenico. Torniamo alle origini, i domenicani vennero a Trapani nel 1230 e vennero alloggiati nella piccola chiesa di Santa Maria la Nova nel 1289 e qui attesero la costruzione del convento e di una chiesa più grande, che cambiò denominazione in San Domenico dopo il 1513 .Il convento e la chiesa, costruiti a spese dell' erario, furono ultimati nei primi del 1400. Secondo alcune fonti dell’Università di Trapani viene descritta la leggenda di un crocifisso con relatore l’architetto Luigi Biondo: all’interno della chiesa, è conservato un antichissimo Crocifisso in legno di origine orientale, nella cui schiena si trova un incavo che si dice contenga una reliquia della passione di Cristo. Il crocifisso, fu portato a Trapani dai religiosi domenicani scacciati dalla Palestina durante l’invasione saracena ed, secondo la tradizione, è attribuito a San Nicodemo, il discepolo che insieme a Giuseppe D’Arimatea, aveva chiesto il corpo di Gesù a Pilato. Fu un tempo molto venerato dai trapanesi al punto tale che in suo onore si organizzavano grandi cerimonie e processioni religiose, soprattutto in periodi di pestilenza o carestia.
Al crocifisso sono attribuiti vari miracoli, tra cui: anno 1524, il crocifisso viene condotto in processione, durante una grande pestilenza, per le strade di Trapani, accompagnato da numerosi fedeli vestiti a lutto che si flagellavano in atto di penitenza. Improvvisamente il costato del crocifisso comincia a sanguinare abbondantemente e subito la pestilenza cessò; anno 1624, viene guarita una donna di Salemi, di nome Dorotea Salesia, che, nata cieca, si era unta gli occhi con l’olio delle lampade del simulacro, riavendo la vista istantaneamente; anno 1641, durante una carestia un bambino di nome Rocco, chiede insistentemente del pane alla madre, ma ella, non avendone, risponde di andare a chiederlo al crocifisso.
Il bambino ingenuamente si reca in chiesa ed inginocchiatosi davanti al crocifisso comincia a chiedere il pane, ed il simulacro, schiodatasi la mano dalla croce, glielo porge. Il bambino corre allora tutto contento verso casa con il pane ottenuto. Sparsasi la voce tutti accorrono in chiesa per vedere il prodigio e trovano il braccio destro del Signore ancora staccato dalla croce. Il fatto venne anche attestato da un notaio ed il vescovo di Mazara, dopo aver accertato il miracolo, assegnò alla madre e al piccolo una rendita annuale; anno 1672, durante l’ennesima grande carestia che uccise in Sicilia più di centomila persone, il crocifisso venne portato in processione per le vie della città, ed ecco che in quei giorni entrò in porto una nave carica di frumento e subito dopo un’altra con lo stesso carico inviata da Palermo.
La mattanza di quell’anno fruttò inoltre così tanti tonni che si dovettero salare anche nelle botti, perché i barili non bastarono.